Действие разворачивается в 2047 году, спустя 24 года после событий, описанных в Crysis 2. После подавления угрозы цефалоподов возник вакуум власти, который в итоге оказался заполнен C.E.L.L., развившейся из частной военной компании в многопрофильную мегакорпорацию. Установив монополию в ряде ключевых областей экономики, в том числе — в энергетике, C.E.L.L. задействовала финансово-долговые схемы для установления контроля над населением. Нью-Йорк не был восстановлен после боевых действий и окончательно обратился в руины, в которых время от времени разгораются конфликты между войсками C.E.L.L., остатками цефалоподов, выживших после биологической атаки, и повстанцами, сопротивляющимися диктатуре корпорации.
Группа упомянутых повстанцев, руководимая бывшим участником группы «Хищник» Майклом Сайксом (позывной «Псих», англ. Psycho), освобождает протагониста Лоуренса Бернса («Пророк», англ. Prophet) из заключения на территории охраняемой базы C.E.L.L. На момент начала игры Пророк остаётся единственным оператором нанокостюма; прочие, в том числе Псих, были захвачены силами корпорации и лишены костюмов. Игроку также становится известно, что протагонист первой части игры, спецназовец с позывным «Номад», также погиб, хотя об обстоятельствах его смерти не сообщается. В информационных активах C.E.L.L., которые можно обнаружить в игре, любые сведения о Номаде стёрты.
Общий размер: 9,95 Gb